הסערה סביב מעצרי בחורי הישיבות כאשר חלקם לומדים ומתגוררים בעיר ממשיכה לעורר הדים במערכת החרדית והפוליטית: יו"ר דגל התורה, משה גפני, שיגר מכתב חריג לנציגי התנועה ברשויות המקומיות ברחבי הארץ בהם גם עם השיטור העירוני בעיר, ובו הורה להפסיק באופן מיידי את שיתוף הפעולה עם משטרת ישראל.
במכתב ששלח כתב גפני: "בעקבות שינוי המדיניות של משטרת ישראל, ושלא נהיה חלילה שותפים לפגיעה בתורה הקדושה ובלומדיה, אני מבקש להפסיק לאלתר את שיתוף הפעולה עם משטרת ישראל, לרבות השיטור העירוני, עד להודעה חדשה".

לפי גורמים בתנועה, ההנחיה כוללת בין היתר אי השתתפות בפגישות תיאום עם המשטרה לקראת אירועים ציבוריים, אי העברת מידע שוטף לרשויות האכיפה וצמצום שיתופי פעולה מוניציפליים עם מערכי השיטור העירוני.
המהלך מגיע לאחר מעצר ביום ראשון בשכונת ארמון הנציב מעצרם של שלושה בחורי ישיבה הלומדים בשכונת רמות במהלך הלילה האחרון והעברתם לידי המשטרה הצבאית, אירועים שהובילו להפגנות סוערות באזור שער בנימין ולתגובות חריפות מצד המפלגות החרדיות.
במערכת הפוליטית החרדית רואים במהלך של גפני ניסיון להציב קו תקיף מול המשטרה בעקבות מה שמוגדר כ"החרפת הרדיפה נגד בני הישיבות".
ההערכה כי ההנחיה עשויה להשפיע גם על שיתופי פעולה שוטפים בעירייה ובאירועים גדולים המתקיימים בעיר בשיתוף המשטרה.